一、科属不同
1、宽鳍鱲：宽鳍鱲是我国山区重要的经济鱼种，别称桃花鱼、双尾鱼、红车公等，在生物分类学上属于动物界、脊索动物门、硬骨鱼纲、鲤形目、鲤科、鱲属小型淡水鱼类。
2、长鳍鱲：长鳍鱲是初级淡水鱼，学名长鳍马口鱲，别称红翅子、溪哥鱼等，在生物分类学上属于动物界、脊索动物门、硬骨鱼纲、鲤形目、鲤科、马口鱲属小型淡水鱼类。
二、形态不同
1、宽鳍鱲：宽鳍鱲体延长，侧扁，头短，腹部圆；吻钝，口端位，眼小；鳞大，略呈长方形；侧线完全；背部黑灰色，腹部银白色，腹鳍淡红色，背鳍和尾鳍灰色，尾鳍后缘黑色。
2、长鳍鱲：长鳍鱲体延长，侧扁，头后隆起，尾柄细，腹部圆；吻短，口端位，眼小；鳞细密，侧线在胸鳍上方下弯；臀鳍发达；背部灰褐色，腹部灰白色，体中轴有蓝黑色纵纹。
三、分布不同
1、宽鳍鱲：宽鳍鱲分布极为广泛，我国除青藏高原外各地均有分布，尤以丘陵地区的山涧溪流、小河中最常见。
2、长鳍鱲：长鳍鱲原产于中国，主产于长江流域及以南各地，海南岛、台湾岛各溪流、江河等淡水中也有分布。